Grupo de Biofísica Computacional

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El grupo dirigido por el Prof. Agregado Dr. Pablo D. Dans está ubicado en la sede Salto. Más información sobre el grupo puede obtenerse en Dans Lab.

Líneas de investigación

El grupo de Biofísica Computacional se dedica al desarrollo de métodos de la química y biofísica computacional para el modelado y simulación de sistemas biológicos de interés biomédico. En particular, el grupo trabaja en las siguientes líneas de investigación:

a) Desarrollo de métodos de la Biología Integrativa para el estudio 3D/4D de cromosomas y genes.

b) Impacto de la 5-metil-citosina (modificación epigenética) en la organización del genoma de levadura bajo diferentes condiciones.

c) Desarrollo de parámetros de campos de fuerza atomísticos para bases modificadas epigeneticamente.

d) Desarrollo de modelos de grano-grueso de ADN y cromatina.

e) Estudio del espacio conformacional de las moléculas de ARN. Una aproximación desde la bioinformática estructural. 

f) Estructura, estabilidad y dinámica de mitades de ARN de transferencia.

g) Interacciones ADN-solvente; cationes, solvente y pequeños ligandos.

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Algunas publicaciones representativas

Ruifang Zheng, da Rosa Gabriela, Dans Pablo D., and Peluffo R. Daniel. Molecular Determinants for Nitric Oxide Regulation of the Murine Cationic Amino Acid Transporter CAT-2A. Biochemisty, DOI: 10.1021/acs.biochem.0c00729 (2020)

Dans Pablo D., Balaceanu Alexandra, Pasi Marco, Patelli Alessandro S. P,  Petkevičiūtė Daiva, Walther Jürgen, Hospital Adam, Lavery Richard, Maddocks John, and Orozco Modesto. The Static and Dynamic Structural Heterogeneities of B-DNA: Extending Calladine-Dickerson rules. Nucleic Acids Research, DOI: 10.1093/nar/gkz905 (2019)

Gallego Diego, Darré Leonardo, Dans Pablo D., and Orozco Modesto. VeriNA3d: An R Package for the Data Mining of Nucleic Acids. Bioinformatics – Application Notes, DOI: 10.1093/bioinformatics/btz553 (2019)

Darre Leonardo, Ivani Ivan, Dans Pablo D., Gómez Hansel, Hospital Adam, Orozco Modesto. Small Details Matter: the Importance of the 2’Hydroxyl in RNA. Journal of American Chemical Society, Volume 138, Issue 50, 4217-4230 (2016)

Saint-Léger Adélaïde, Bello-Cabrera Carla, Dans Pablo D., Torres Adrian Gabriel, Novoa Eva Maria, Camacho Noelia, Orozco Modesto, Kondrashov Fyodor A and Ribas de Pouplana Lluís. Saturation of recognition elements blocks evolution of new tRNA identities. Science advances, Volume 2, Issue 4, e1501860, (2016)

Ivani Ivan, Dans Pablo D., Noy Agnes, Pérez Alberto, Faustino Ignacio, Hospital Adam, Walther Jurgen, Andrio Pau, Goni Ramon, Balaceanu Alexandra, et al. Parmbsc1: a refined force field for DNA simulations. Nature Methods, Volume 13, Issue 1, 55-8, (2016)

Cuervo Ana, Dans Pablo D., Carrascosa José L., Orozco Modesto, Gomila Gabriel, and Fumagalli Laura. Direct measurement of the dielectric polarization properties of DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Volume 111, Issue 35, E3624-30, (2014)

Dans Pablo D., Zeida Ari, Machado Matías R., and Pantano Sergio. A coarse grained model for atomic-detailed DNA simulations with explicit electrostatics. Journal of Chemical Theory and Computation, Volume 6, Number 5, 1711–1725, (2010)

Dans Pablo D., Crespo Alejandro, Estrin Darío A., and E Coitiño Laura. Structural and Energetic Study of Cisplatin and Derivatives: Comparison of the Performance of Density Functional Theory Implementations. Journal of Chemical Theory and Computation, Volume 4, Number 5, 740–750, (2008)

Integrantes

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Prof. Dr. Pablo D. Dans

Responsable del grupo
(Gdo 4, 40 hs/sem, DT)

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Dr. Leandro Grille

Estudiante de posdoctorado

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MSc. Gabriela da Rosa

Estudiante de doctorado
(Gdo 2, 25 hs/sem)

 
 
 

Enseñanza

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El grupo se encarga de la coordinación y dictado del módulo 3 (Aspectos estructurales y fisicoquímicos del ADN) en el nuevo curso de posgrado PEDECIBA BIOLOGIA: Biofísica del ADN. Primera edición 2021 del 6 de abril al 18 de junio.

Participamos como organizadores y docentes en el curso regional de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires: "Escuela de modelado de Biomoléculas". Curso de posgrado (reconocido por el PEDECIBA). Edición 2021 del 12 al 22 de julio.

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