Grupo de Biofísica Computacional
El grupo dirigido por el Prof. Agregado Dr. Pablo D. Dans está ubicado en la sede Salto. Más información sobre el grupo puede obtenerse en Dans Lab.
Líneas de investigación
El grupo de Biofísica Computacional se dedica al desarrollo de métodos de la química y biofísica computacional para el modelado y simulación de sistemas biológicos de interés biomédico. En particular, el grupo trabaja en las siguientes líneas de investigación:
a) Desarrollo de métodos de la Biología Integrativa para el estudio 3D/4D de cromosomas y genes.
b) Impacto de la 5-metil-citosina (y otras modificaciones epigenéticas) en la organización del genoma de levadura bajo diferentes condiciones.
c) Desarrollo de parámetros de campos de fuerza atomísticos para bases modificadas epigeneticamente.
d) Desarrollo de modelos de grano-grueso de ADN y cromatina.
e) Estudio del espacio conformacional de las moléculas de ARN. Una aproximación desde la bioinformática estructural.
f) Estructura, estabilidad y dinámica de mitades de ARN de transferencia.
g) Interacciones ADN-solvente; cationes, solvente y pequeños ligandos.
h) Predicción de la estructura 3D de peptidos y proteínas.
Publicaciones
2023
Leandro Grille, Diego Gallego, Leonardo Darré, Gabriela da Rosa, Federica Battistini, Modesto Orozco, Pablo D. Dans. The Pseudo-Torsional Space of RNA. bioRxiv (2022). DOI: 10.1101/2022.06.24.497007. Aceptado en RNA Journal (en prensa) (2023) CORRESPONDING AUTHOR. (IF 2022: 5.636)
Gabriela Llauger, Roberto Melero, Demián Monti, Gabriela Sycz, Cristián Huck-Iriart, María L Cerutti, Sebastián Klinke, Evelyn Mikkelsen, Ariel Tijman, Rocío Arranz, Victoria Alfonso, Sofía M Arellano, Fernando A Goldbaum, Yann GJ Sterckx, José-María Carazo, Sergio B Kaufman, Pablo D Dans, Mariana del Vas, Lisandro H Otero. A fijivirus major viroplasm protein shows RNA-stimulated ATPase activity by adopting pentameric and hexameric assemblies of dimers. Mbio, e00023-23 (2023). (IF 2022: 7.867)
2022
Neguembor Maria Victoria, Buitrago Diana, Lema Rafael, Arcon Juan Pablo, Walther Jürgen, Garate Ximena, Martin Laura, Romero Pablo, Gut Marta, Blanc Julie, AlHaj Abed Jumana, Lakadamyali Melike, Wu Chao-ting, Brun Heath Isabelle, Orozco Modesto, Dans Pablo D., and Cosma Maria Pia. MioS, an integrated imaging and modeling strategy to resolve gene folding at basepair resolution. Nature Structural and Molecular Biology, 29 (10), 1011-1023 (2022) CORRESPONDING AUTHOR (IF 2020: 15.369)
Martin Benjamin, Dans Pablo D., Wieczor Milosz, Villegas Nuria, Brun-Heath Isabelle, Battistini Federica, Terrazas Montserrat, and Orozco Modesto. Molecular basis of Arginine and Lysine DNA sequence-dependent thermos-stability modulation. PLOS Computational Biology. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009749 (2022) CORRESPONDING AUTHOR (IF 2018: 4.428)
2021
da Rosa Gabriela, Grille Leandro, Calzada Victoria, ABC consortium and Dans Pablo D. Sequence-Dependent Structural Properties of B-DNA: What Have We Learned in 40 Years? Biophysical Reviews. DOI: 10.1007/s12551-021-00893-8 (2021) CORRESPONDING AUTHOR (IF 2021: 4.430)
Battistini Federica, Dans Pablo D., Terrazas Montserrat, Castellazzi Chiara L., Portella Guillem, Labrador Mireia, Villegas Núria, Brun-Heath Isabelle, Gómez-Pinto Irene, González Carlos and Orozco Modesto. The physical origins of the odecame-methyl-cytosine epigenetic signature. PLOS Computational Biology, 17, e1009547. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009547 (2021) (IF 2018: 4.428)
Diana Buitrago, Mireia Labrador, Juan Pablo Arcon, Rafael Lema, Oscar Flores, Anna Esteve-Codina, Julie Blanc, Nuria Villegas, David Bellido, Marta Gut, Pablo D. Dans, Simon C. Heath, Ivo Gut, Isabelle Brun Heath, and Modesto Orozco. Impact of DNA methylation on 3D genome structure. Nat Communication, 12, 3243. DOI: 10.1038/s41467-021-23142-8en (2021) (IF 2020: 14.919)
Rodríguez-Decuadro Susana, da Rosa Gabriela, Radío Santiago, Barraco-Vega Mariana, Benko-Iseppon Ana Maria, Dans Pablo D., Smircich Pablo, and Cecchetto Gianna. Antimicrobial peptides in the seedling transcriptome of the tree legume Peltophorum dubium. Biochimie, DOI: 10.1016/j.biochi.2020.11.005 (2021) (IF 2019: 3.188)
2020
Zheng Ruifang, da Rosa Gabriela, Dans Pablo D., and Peluffo R. Daniel. Molecular Determinants for Nitric Oxide Regulation of the Murine Cationic Amino Acid Transporter CAT-2A. Biochemistry, DOI: 10.1021/acs.biochem.0c00729 (2020) (IF 2020: 3.162)
Walther Jürgen, Dans Pablo D., Balaceanu Alexandra, Hospital Adam, Bayarri Genís, and Orozco Modesto. A Multi-Modal Coarse-Grain Model of DNA Flexibility Mappable to the Atomistic Level. Nucleic Acids Research, DOI: 10.1093/nar/gkaa015 (2020). CORRESPONDING AUTHOR (IF 2017: 11.561)
* Elegido artículo del mes por la Sociedad de Biofísica de España.
2019
Dans Pablo D., Balaceanu Alexandra, Pasi Marco, Patelli Alessandro S. P, Petkevičiūtė Daiva, Walther Jürgen, Hospital Adam, Lavery Richard, Maddocks John, and Orozco Modesto. The Static and Dynamic Structural Heterogeneities of B-DNA: Extending Calladine-Dickerson rules. Nucleic Acids Research, DOI: 10.1093/nar/gkz905 (2019). CORRESPONDING AUTHOR (IF 2017: 11.561)
* Elegido artículo del mes por la Sociedad de Biofísica de España.
Maxime Janin, Vanessa Ortiz-Barahona, Manuel Castro de Moura, Anna Martínez-Cardús, Pere Llinàs-Arias, Marta Soler, Daphna Nachmani, Joffrey Pelletier, Ulrike Schumann, Maria Calleja-Cervantes, Sebastian Moran, Sonia Guil, Alberto Bueno-Costa, David Pinyeiro, Montserrat Perez-Salvia, Margalida Rosselló-Tortella, Laia Piqué, Joan Bech-Serra, Carolina De la Torre, August Vidal, María Martinez-Iniesta, Juan Martín-Tejera, Alberto Villanueva, Alexandra Arias, Isabel Cuartas, Ana Aransay, Andres Morales La Madrid, Angel Carcaboso, Vicente Santa-Maria, Jaume Mora, Agustín Fernandez, Mario Fraga, Iban Aldecoa, Leire Pedrosa, Francesc Graus, Noemi Vidal, Fina Martínez-Soler, Avelina Tortosa, Cristina Carrato, Carme Balañá, Matthew Boudreau, Paul Hergenrother, Peter Kötter, Karl-Dieter Entian, Jürgen Hench, Stephan Frank, Sheila Mansouri, Gelareh Zadeh, Pablo D. Dans, Modesto Orozco, George Thomas, Sandra Blanco, Joan Seoane, Thomas Preiss, Pier Paolo Pandolfi, Manel Esteller. Epigenetic Loss of RNA Methyltransferase NSUN5 in Glioma Targets Ribosomes to Drive a Stress Adaptive Translational Program Associated with Long-Term Survival. Acta Neuropathologica, DOI: 10.1007/s00401-019-02062-4 (2019). (IF 2017: 18.185).
Rodriguez Susana, Dans Pablo D., Borba María Alejandra, Benko-Iseppon Ana María, and Cecchetto Gianna. Gene Isolation of a New Legume Defensin with a Broad Spectrum of Antimicrobial Activity. Planta Journal, DOI: 10.1007/s00425-019-03260-w (2019). (IF 2017: 3.249)
Battistini Federica, Hospital Adam, Buitrago Diana, Dans Pablo D. Gelpi Josep Lluis, and Orozco Modesto. How B-DNA Dynamics Decipher Sequence-selective Protein Recognition. Journal of Molecular Biology, DOI: 10.1016/j.jmb.2019.07.021 (2019). (IF 2017: 5.067)
Gallego Diego, Darré Leonardo, Dans Pablo D., and Orozco Modesto. VeriNA3d: An R Package fo the Data Mining of Nucleic Acids. Bioinformatics – Application Notes, DOI: 10.1093/bioinformatics/btz553 (2019). CORRESPONDING AUTHOR (IF 2017: 4.531)
Balaceanu Alexandra, Biutrago Diana, Walther Jurgen, Dans Pablo D., Orozco Modesto. Modulation of the Helical Properties of DNA: Next-To-Nearest Neighbour Effects and Beyond. Nucleic Acids Research, DOI: 10.1093/nar/gkz255, (2019). (IF 2017: 11.561)
* Elegido artículo del mes por la Sociedad de Biofísica de España.
Kuzmanic Antonia, Dans Pablo D., Orozco Modesto. An in-depth look at DNA crystals through the prism of molecular dynamics simulations. CHEM, Cell press, DOI: 10.1016/j.chempr.2018.12.007, (2019). (IF 2017: 14.104)
Integrantes
Prof. Dr. Pablo D. Dans
Estudiantes:
Lic. Gonzalo Lopez
Estudiante de Maestría
en Biotecnología
Fac. Ciencias - UdelaR
Dr. Leandro Grille
Estudiante de posdoctorado
Lic. Ariel Tijman
Estudiante de Maestría
en Química
Fac. Química - UdelaR
MSc. Gabriela da Rosa
Estudiante de doctorado
(Beca CAP)
(Gdo 2, 6 hs/sem)
Bach. Mauro de Castro
Estudiante de Licenciatura
en Ciencias Biológicas
Fac. Ciencias- UdelaR
Enseñanza
El grupo se encarga de la coordinación y dictado del módulo 3 (Aspectos estructurales y fisicoquímicos del ADN) en el nuevo curso de posgrado PEDECIBA BIOLOGIA: Biofísica del ADN. Primera edición 2021 del 6 de abril al 18 de junio.
Participamos hace una década como organizadores y docentes en el curso regional de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires: "Escuela de modelado de Biomoléculas". Curso de posgrado (reconocido por el PEDECIBA).
Edición 2021, 2022 y 2023.
El grupo participa del curso de Introduccion a la Biología y Biofísica del Ciclo de Biologia y Bioquímica y del CENUR Litoral Norte.
Entrevista en En Perspectiva (Radio Mundo), en el programa “La mesa de los científicos” conducido por Romina Andrioli y Hector Musto, el 10 de setiembre 2020. “Los profesionales repatriados” junto a la Dra. Luisa Berná y el Dr. Martin Reiris. https://www.enperspectiva.net/especiales/coronavirus/la-mesa-cientificos-los-profesionales-repatriados/
Charla de divulgación para el colectivo La Nutrición y sus Demonios, marzo 2021 (vía zoom): https://nutriciondemonios.com/exposicion-adn-epigenetica-nutricion/.
Gira de divulgación científica por el MERCOSUR (4 conferencias en total en 3 países) sobre temas de Epigenética y Nutrición junto a la Nutricionista Lic. María Gabriela Acosta (Paraguay). Se brindó una serie de charlas de divulgación en la Universidad de Buenos Aires (abril 2022, https://www.youtube.com/watch?v=JKw-GipR4e0&t=140s), el Instituto Clemente Estable (Parte 1: https://www.youtube.com/watch?v=JTtAuP5J0xQ&t=126s, Parte 2: https://www.youtube.com/watch?v=4LUO69YbBZ4&t=4s) y el CENUR Litoral Norte de la UdelaR (en el marco de la semana de la ciencia y la tecnología, mayo 2022) y en la Universidad Autónoma de Asunción (agosto 2022). "Luz, Cámara, Epigenética y Nutrición".
Invitados al programa de radio Efecto Mariposa para hablar sobre epigenética y nutrición, mayo 2022. https://soundcloud.com/pablo-dans-284294851/luz-camara-epigenetica-y-nutricion-entrevista-efecto-mariposa?utm_source=clipboard&utm_medium=text&utm_campaign=social_sharing
Invitados al programa de radio “En qué nos metimos” para hablar sobre el Grupo de Biofísica Computacional en Octubre 2021 (https://www.youtube.com/watch?v=wa17cEaSizg) y sobre un trabajo publicado en Nature Structural and Molecular Biology dedicado al modelado 3D/4D de genes y cromosomas, Noviembre 2022 (https://www.youtube.com/watch?v=zqxbtFKzenk).
Nota en el Portal de la Udelar sobre trabajo llevado a cabo por el grupo de Biofísica Computacional del CENUR Litoral Norte (Octubre 2022): https://udelar.edu.uy/portal/2022/10/investigadores-logran-captura-la-estructura-del-genoma-humano-a-una-resolucion-sin-precedentes/
Invitados al programa de TV Ciudad SobreCiencia para hablar sobre un trabajo liderado por el grupo de Biofísica Computacional, sobre modelado teórico-experimental de genes, cromosomas y núcleos enteros. Julio 2022. https://www.youtube.com/watch?v=VB4a6_RqBWo
Entrevista y nota en El Observador sobre el trabajo publicado en Nature Structural and Molecular Biology por mi grupo. Octubre 2022. https://www.elobservador.com.uy/nota/el-docente-de-la-udelar-que-trabajo-en-el-desarrollo-de-una-tecnica-para-ver-como-se-pliega-el-adn-202210131540